Święta Lipka pojawia się w dokumentach pisanych w drugiej połowie XV wieku, gdy była już znanym miejscem pielgrzymkowym. Początki Świętej Lipki jako miejsca kultu religijnego trzeba umieścić w stuleciu pomiędzy latami 1374 a 1473. Pierwsza kaplica jaka została zbudowana w tym czasie miała 12m długości i 8m szerokości. Była to budowla drewniana, której sklepienie stanowiła korona drzewa lipowego. Jeszcze w średniowieczu utrwalił się tu zwyczaj przychodzenia w pielgrzymkę dla uzyskania odpustu i nadziei odzyskania zdrowia (również wśród plemion pruskich drzewo lipowe uchodziło za miejsce przebywania dobrych duchów). Sam wielki mistrz Zakonu Krzyżackiego Albrecht Hohenzollern odbył w to miejsce pielgrzymkę w 1519 roku.

Kilka lat później tenże sam Albrecht zmienił wyznanie i po złożeniu hołdu królowi polskiemu w 1525 roku przyjął wyznanie luterańskie. Dnia 6 kwietnia 1525 roku wyznawanie wiary katolickiej na terenie Prus Książęcych zostało zakazane. Gorliwi protestanci zburzyli kaplicę, lipę wycięto a figurkę Matki Bożej umieszczonej na drzewie lipowym, z którą związana jest legenda o skazańcu więzionym w kościele św. Jerzego w Rastenburgu (Kętrzynie), zniszczono.

Dopiero w 1605 roku nowy książę pruski Joachim Fryderyk przywrócił wolność wyznawania wiary katolickiej. Wówczas biskup warmiński Szymon Rudnicki podjął starania o wybudowanie na miejscu dawnej kaplicy drewnianej nowej kaplicy murowanej. W 1619 roku na dawnych fundamentach została zbudowana kaplica tej samej wielkości co poprzednia. Miejsce gdzie rosło drzewo lipowe zaznaczone zostało przez podniesienie posadzki. W ołtarzu umieszczona została kopia obrazu Matki Bożej Śnieżnej gdyż oryginalna figurka Matki Bożej została wcześniej zniszczona. W roku 1631 opiekę nad kaplicą przejęli jezuici, którzy przybyli do Reszla z zajętego w 1626 roku przez Szwedów Braniewa. Wkrótce kaplica okazała się za ciasna i jezuici podjęli starania budowy kościoła na miejscu kaplicy. Budowę rozpoczęto w 1688 roku. Pracami budowlanymi kierował architekt wileński Jerzy Ertli, pochodzący z Tyrolu. Uroczystej konsekracji świątyni dokonał biskup Jan Zbąski w 1693 roku. Jednak bardzo szybko okazało się, że i kościół nie może pomieścić tłumów wiernych przybywających z pielgrzymką. Postanowiono więc zbudować krużganki z narożnymi kaplicami. Budowę krużganków rozpoczęto w 1694 roku od części frontowej i prowadzono ja, przerwami, do 1708 roku. W latach 1696 – 1698 zbudowano klasztor dla dotychczasowych opiekunów i budowniczych tego miejsca. W roku 1734 ustawiono wspaniałą bramę z kutego żelaza. Bramę wykonywał przez dwa lata, od lipca 1731 do września 1733 roku mistrz kowalski z Reszla, Jan Schwartz. Brama wykonana jest w stylu barokowym, podstawowym motywem jest w niej skręcony liść akantu. W 1748 roku na frontowej części krużganków ustawiono dwa szeregi kamiennych posągów. Posągi te przedstawiają przodków Chrystusa od Abrahama do św. Józefa. Kamień (piaskowiec gotlandzki) sprowadzono ze Szwecji a rzeźby wykonał Krzysztof Perwanger, pochodzący z Tyrolu. Cała seria obejmuje 44 figury, z czego 28 ustawionych jest na zwieńczeniach krużganków a 16 w niszach kaplic frontowych. W latach 1734 – 1737 krużganki ozdobione zostały malowidłami wykonanymi metodą al fresco. Sklepienia i ściany w północnej części krużganków pokryte są malowidłami Macieja Mayera, malarza pochodzącego z Lidzbarka Warmińskiego, wykształconego we Włoszech na koszt biskupa warmińskiego, Teodora Potockiego.

Fasada kościoła należy do najwspanialszych okazów baroku w Polsce. W niszach znajdują się figury pierwszych jezuitów św. Ignacego Lojoli i św. Franciszka z Asyżu oraz na bocznych ścianach wież św. Stanisława Kostki i św. Alojzego Gonzagi. Strzeliste hełmy wież sięgają wysokości 53m a same mury maja wysokość 29m.

Kościół ma kształt trójnawowej bazyliki, w której nawa środkowa jest znacznie wyższa od naw bocznych, ma własne okna umieszczone w lunetach sklepienia. Nad nawami bocznymi znajdują się empory inaczej zwane galerie otwierające się do nawy środkowej półkolistymi łukami. Freski w całym kościele malował Maciej Mayer w latach 1722 – 1727.
Organy zbudował w latach 1719 -1721 organmistrz królewski Jozue Mosengel z Królewca. Organy mają 4965 piszczałek i wydobywają z siebie 40 głosów. Maja również bogato rzeźbioną oprawę z ruchomymi figurkami.

Ambonę wykonał w 1700 roku Krzysztof Peucker. Ten sam artysta w latach 1712 -1714 wykonał ołtarz główny. Ołtarz ma 19m wysokości. Dwa górne obrazy przedstawiają wniebowzięcie i nawiedzenie, dolny obraz to Matka Boska Świętolipska koronowana uroczyście przez prymasa Wyszyńskiego w obecności kardynała Wojtyły w 1968 roku.