Miejscowość została lokowana jako wieś czynszowa w XIV wieku, na prawie chełmińskim a jej nazwa Schwarzstein pochodzi od kultowego kamienia ofiarnego plemiona Bartów. Kamień znajduje się nad wschodnim brzegiem jeziora Mój. Jest to granit rapakiwi  (skała magmowa), którego wysokość wynosi 1,25m, obwód 9m. W górnej części wyżłobiona jest „misa ofiarna” o średnicy około 60cm. Głaz nazywany jest „Diabelskim kamieniem” albo „Gucio”.

W 1394 roku w miejscowości była już karczma i młyn, których ślady istnieją do dziś. W końcu XIV wieku wybudowano również kościół. Według legendy stanął on w miejscu świętego gaju Prusów. Kościół ten był dwukrotnie przebudowywany w latach 1749-1750 oraz 1771-1772. Do końca II wojny światowej nad wejściem do kościoła wisiała podkowa. Podkowę tę kojarzono z legendą o karczmarce z Nakomiad. Najprawdopodobniej jednak była to pamiątka po Litwinach, którzy ograbili miejscowość w 1657 roku, podczas „Potopu szwedzkiego”. Kościół jest średniowiecznym, gotyckim obiektem zabytkowym, który posiada również cenne elementy swego wyposażenia. Niezwykle ciekawym zabytkiem ruchomym jest  krucyfiks o ponad 190cm wysokości ze średniowieczną figurą Chrystusa wykonaną w drewnie lipowym, którego pochodzenie do dziś nie jest znane. Wykonanie rzeźby datuje się na lata 1510-1520.

W 1928 roku w pobliżu kościoła postawiono granitowy głaz z napisem upamiętniającym poległych żołnierzy w czasie I wojny światowej. Głaz ten został usunięty w  latach dziewięćdziesiątych XX wieku.

Dzięki turbinie wodnej zamontowanej na miejscowym potoku wieś od około 1920 roku miała już energię elektryczną.
Przez miejscowość przechodziła linia kolejowa nr 259 Kętrzyn – Węgorzewo. Linia ta została oddana do użytku w dniu 1 lipca 1907 roku. Pociągi osobowe kursowały na tej linii do 30 maja 1992 roku a towarowe do roku 2000. Obecnie linia jest nieczynna. 

W 1945 roku, po zakończeniu II wojny światowej, w miejscowości Schwarzstein pojawili się pierwsi osadnicy pochodzący zwłaszcza z Wołynia. Osadnicy nadali miejscowości polską nazwę Czarny Kamień, która była wiernym tłumaczeniem niemieckiej nazwy. Taka nazwa funkcjonowała do 1946 roku, kiedy zmieniono ją na Czerniki. Tutaj w 1945 roku jako jedna z pierwszych w powiecie kętrzyńskim powstała  polska szkoła podstawowa.

Znakiem obecności przesiedlonych katolików  polskich we wsi był dębowy krzyż, który stanął w 1946 roku w jej centrum. W 1973 roku na miejsce zmurszałego drewnianego krzyża postawiono nowy betonowy krzyż, który stoi do dzisiaj.
W latach pięćdziesiątych XX wieku były podejmowane próby utworzenia parafii w Czernikach jednak ostatecznie kościół ten stał się kościołem filialnym parafii w Karolewie.

Czerniki położone są przy trasie turystycznej biegnącej od drogi Kętrzyn – Giżycko przez Karolewo, Gierłoż do Wilczego Szańca i Parku Miniatur Warmii i Mazur.